A kis hegyen még a bazilika építésén dolgozó munkások kezdték építeni szerény otthonukat. Nevét Becket Tamás canterbury-i érsekről kapta. A török 1594-ben építette fel "Tepedelen"-nek (Koponya-likgatónak) nevezett erődítését a prépostság romjaira, mely 1730-ban pusztult el. 1596-ban Rudolf király a hegy elhordását szorgalmazta, hogy ne lehessen innen a várat lőni. A káptalani fennhatóság alatt lévő Szenttamás hegyoldalra felfutó házaiban elsősorban iparosok éltek. A környékén Örményfalva néven az örmény kereskedők hoztak létre települést, majd a török idők után az ország első zsidó hitközsége 1720 körül itt emelte templomát.
A XIX. század első felében Szenttamás lakosságának tizennégy százaléka zsidó volt, akik kereskedésből, iparból tartották el magukat.1889-ben épült fel zsinagógájuk.
A rendszerváltásig itt működött a kályhagyár, ahol kályhacsempét és téglát égettek.